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BBCH based Plant Phenological Development Ontology (PPDO)

L'ontologie PPDO étend le modèle skos pour décrire les stades de développements des cultures. Cette ontologie et les jeux de données associés ont été créé pendant le projet https://www.d2kab.org [D2KAB (2019-2023). Les échelles de stades de développement de la vigne sont le résultat d'un travail conjoint entre l'institut français du vin et de la vigne (IFV) et la laboratoire TSCF INRAE. Nous remercions Xavier Delpuech et Marc Raynal pour leur implication dans ce projet.

Publications

C. ROUSSEY, X. DELPUECH, F. AMARDEILH, S. BERNARD, C. JONQUET. Semantic Description of Plant Phenological Development Stages, starting with Grapevine In Proceedings of 14th international conference on Metadata and Semantics Research Conference (MTSR), Madrid, Spain, 2-4 December 2020. In: Garoufallou E., Ovalle-Perandones MA. (eds) Metadata and Semantic Research. MTSR 2020. Communications in Computer and Information Science, vol 1355. Springer, Cham. The final authenticated version is available online at https://doi.org/10.1007/978-3-030-71903-6_25 . The author version is available at https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02996846

Accès au SPARQL end point

L'accès au triplestore se fait sur http://ontology.inrae.fr/ppdo/sparql/.

Exemple de requêtes

Liste des stades de l'échelle Baggiolini. Cette échelle est dédiée uniquement à la vigne et ne contient qu'une liste de stades secondaires.

PREFIX vine: <http://ontology.inrae.fr/ppdo/resource/grapevine/>
SELECT DISTINCT ?stage
WHERE {
?stage a ppdo:SecondaryGrowthStage.
?stage skos:inScheme ?scale.
?scale skos:prefLabel ?label
FILTER REGEX(STR(?label), "baggiolini", "i")
} ORDER BY ?stage

Les exemples de requête suivantes interrogent à la fois le sparql end point ppdo et le sparql end point fcu:

Quelles sont les stades appartenant à une échelle phénologique dont le nom contient le mot bbch. L' échelle est associée à une culture fille d'arboriculture.

SELECT DISTINCT ?crop ?lbl ?scale ?stade WHERE {
  SERVICE <http://ontology.inrae.fr/frenchcropusage/sparql> {
    ?dummy a              skos:Concept .
    ?dummy skos:prefLabel "arboriculture"@fr .
    ?dummy skos:narrower+ ?crop .
    ?crop  skos:prefLabel ?lbl.
  } SERVICE <http://ontology.inrae.fr/ppdo/sparql> {
    ?scale a                  skos:ConceptScheme .
    ?scale skos:hasTopConcept ?topc .
    ?topc  fcu:relatedCrop    ?crop .
    ?topc  skos:narrower+     ?stade .
    FILTER (REGEX(STR(?scale), "bbch"))
  }
} ORDER BY ?stade

Quelles sont les échelles phénologiques (concept scheme) qui sont associés à une culture fille d'arboriculture.

SELECT DISTINCT ?crop ?lbl ?scale WHERE {
  SERVICE <http://ontology.inrae.fr/frenchcropusage/sparql> {
    ?dummy a              skos:Concept .
    ?dummy skos:prefLabel "arboriculture"@fr .
    ?dummy skos:narrower+ ?crop .
    ?crop  skos:prefLabel ?lbl.
  } SERVICE <http://ontology.inrae.fr/ppdo/sparql> {
    ?scale a                  skos:ConceptScheme .
    ?scale skos:hasTopConcept ?topc .
    ?topc  fcu:relatedCrop    ?crop .
  }
}

Accès au git

L'ensemble des fichiers sont disponibles dans un répertoire gitlab institutionnel https://gitlab.irstea.fr/copain/phenologicalstages

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